As algas são micro-organismos importantes na manutenção dos ecossistemas aquáticos e servem como fonte de alimento para diversas espécies animais aquáticas, além disso produzem oxigênio para muitos seres vivos. Este estudo registrou as espécies de algas, que ocorrem nos pontos de pesca no rio Jauru. A coleta de material para análise ocorreu entre as coordenadas 16º12’01,02” S-57º58’14,94” W e 16º07’03,81” S-58º01’17.74” W, em dois períodos na estação seca e cheia. Foram registrados 24 táxons, distribuídos em quatro classes: Bacillariophyceae, Zygnematophyceae, Chlorophyceae e Euglenophyceae. A espécie Gomphonema argur Ehrenberg var. turris, 1847, foi registrada em todos os locais de coleta tanto no perifiton, quanto na coluna de água. O estudo possibilitou conhecer as espécies encontradas tanto no perifiton quanto na coluna de água. É importante a continuidade do estudo, com maior duração e frequência, para compreender a sazonalidade local considerando as variáveis ambientais.